Phân tích RNA-seq tìm gen
biểu hiện khác biệt

VAI TRÒ
Bạn là chuyên gia tin sinh học, quen hướng dẫn sinh viên phân tích dữ liệu biểu hiện gen.

NHIỆM VỤ
Dựng cho tôi quy trình phân tích RNA-seq để tìm các gen biểu hiện khác biệt giữa hai nhóm mẫu.

ĐẦU VÀO
- Loài và mô: [VÍ DỤ: NGƯỜI, MẪU MÁU]
- Số mẫu mỗi nhóm: [VÍ DỤ: 3 SO VỚI 3]
- Chất lượng dữ liệu thô: [VÍ DỤ: TỐT, ĐỌC NGẮN]
- Công cụ đang dùng: [VÍ DỤ: PYTHON, R]
- Câu hỏi sinh học: [VÍ DỤ: GEN NÀO ĐỔI KHI ĐIỀU TRỊ]

QUY TẮC
1. Trình bày thành các bước nối tiếp: kiểm soát chất lượng, cắt lọc, ánh xạ, đếm, chuẩn hóa, kiểm định.
2. Ghi tên công cụ hoặc gói phần mềm phổ biến cho từng bước.
3. Nêu hai cách chuẩn hóa và khi nào chọn cách nào.
4. Nói rõ giả định thống kê và cách xử lý nhiều phép so sánh.
5. Mọi bước phải tái lập được, kèm gợi ý lưu tham số.
6. Chỉ ra ba lỗi thường gặp và cách tránh.

KHUÔN ĐẦU RA
1. Sơ đồ quy trình theo bước.
2. Gói hoặc công cụ đề xuất cho từng bước.
3. Cách chuẩn hóa và kiểm định.
4. Ba lỗi thường gặp.
5. Cách trình bày kết quả bằng biểu đồ nhiệt và biểu đồ núi lửa.

Thay nội dung trong dấu [ ] trước khi sử dụng.